つまり、最初に Rails new する Rails 自体をアプリ別に使いわけようという話

ディレクトリ作る

$ mkdir hoge_app
$ cd hoge_app

Bundle 初期化で Gemfile 作る。 rebenv で入れたやつ使うよ

$ rbenv exec bundle init

$ vim Gemfile

バージョンズバリ固定する

# A sample Gemfile
source "https://rubygems.org"

gem "rails", "4.1.5"

インストール場所指定してインストール

$ rbenv exec bundle install --path vendor/bundle

これで vendor/bundle (通常 rails new の後に bundle install で gem が入れられる場所)に先に Rails をインストールできた

あとはこの Rails を使って new すればよい。ディレクトリはもうすでにあるので

$ rbenv exec bundle exec rails new .

Gemfile を置き換えるか？と言われるので YES。 この後、bundle install が途中で失敗したら、Gemfile.lock ファイルを削除して、もう一度単独で

$ rbenv exec bundle install

でOK

もうすでに .bundle/config ファイルに vendor/bundle のパスが書き込まれているので改めてそこに保存しに行く