Hyper の設定ファイルは .hyper.js という形になっていてそこに JSON 形式で書いていけばいい

Windows 版ではデフォルトのファイルがこのへんにある

C:\Users\unko\AppData\Roaming\Hyper\.hyper.js

Hyper のメニューから Edit → Preference と選ぶと表示されるのはこのファイルである。

ver2 の頃までは各ユーザーのディレクトリに設置してある .hyper.js だったらしいが、 ver3 以降は↑の位置がWindowsでの設定ファイルの位置になったようだ。

Hyper 自体は単なる端末であり、中が WSL で Linux で動こうが msys2 で動こうが、どっちでもできる。

例えば msys2 の bash を起動したいならこのように設定する。