まとまりが無いので、とりあえず現状の build.gradle を貼っておく

buildscript {
    ext {
        springBootVersion = '2.1.1.RELEASE'
    }
    repositories {
        mavenCentral()
    }
    dependencies {
        classpath("org.springframework.boot:spring-boot-gradle-plugin:${springBootVersion}")
    }
}
 
apply plugin: 'java'
apply plugin: 'eclipse'
apply plugin: 'org.springframework.boot'
apply plugin: 'io.spring.dependency-management'
 
group = 'com.example'  // ここは適宜変更
version = '2018122701' // ここは適宜変更
sourceCompatibility = 1.8
 
// Doma 向けのコンパイル前設定
processResources.destinationDir = compileJava.destinationDir
compileJava.dependsOn processResources
 
repositories {
    mavenCentral()
}
 
 
dependencies {
    // Doma のコード自動生成(APT)駆動用。バージョンは doma-spring-boot-starter でロードされる Doma と合わせている
    compile "org.seasar.doma:doma:2.16.1"
    // Doma の自動生成(APT)設定
    annotationProcessor "org.seasar.doma:doma:2.16.1"
 
    implementation('org.springframework.boot:spring-boot-starter')
    implementation group: 'com.fasterxml.jackson.core', name: 'jackson-annotations', version: '2.9.7'
    implementation group: 'org.springframework.security', name: 'spring-security-core', version: '5.1.2.RELEASE'
    // ORM である Doma の設定
    implementation group: 'org.seasar.doma.boot', name: 'doma-spring-boot-starter', version: '1.1.1'
    runtimeOnly('mysql:mysql-connector-java')
    testImplementation('org.springframework.boot:spring-boot-starter-test')
    // テストでのDBへのデータ挿入
    testImplementation 'com.ninja-squad:DbSetup:2.1.0'
}