結論から言うと td に対して本来指定スべきでない vertical-align: baseline が指定されているとこうなる。

このような状況

<tr>
    <td>hoge1</td>
    <td rowspan="4">
        <div>piyo</div>
    </td>
</tr>
<tr><td>hoge2</td></tr>
<tr><td>hoge3</td></tr>
<tr><td>hoge4</td></tr>

piyo のブロック(div)に対して padding が指定されていると hoge1 のセルに対して padding が指定されていても、それが無視されて内容物がセルの底辺にビッタリくっついてしまう。 不思議なのは他のセルはならないのにこの rowspan 指定されている tr の別のセルだけなる。

なんで？ということで baseline をやめれば直る。