STS 自体、つまり Eclipse には Gradle の multi module project をそのまま扱うことはできないようなので、ちょっと特殊な作り方をしないといけない。
Spring Boot/マルチプロジェクト/ベースプロジェクト
STS上での注意だが、Eclipse はファイルシステム上の問題ではなくその仕様でプロジェクト名が重複できないので、 プロジェクトが階層になっているとはいえ全部フラットと考えたほうがヨイ。